Aytun Çıray Balyoz ve Ergenekon davalarındaki tutumuyla genel bir eleştiriye tabi tutulan eski genelkurmay başkanı Hilmi Özkök’e kritik sorular yöneltti. Konuşmasında laiklik konusundaki hassasiyetinin altını çizen Özkök’e, Çıray,   Öcalan’ı sorgulayan emekli albay Hasan Atilla Uğur’un TSK’daki Fethullahçı yapılanmaya dair raporunu hatırlatarak  Özkök’ün gösterdiği kayıtsızlıkla ilgili bir soru sordu. Hasan Atilla Uğur raporunda Fethullah Gülen liderliğindeki çetenin küresel bir güç olduğunu, adam öldürmek dahil her şeyi yapabilecek imkan ve kabiliyete sahip olduğunu vurgulamış, ama ne dönemin cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer ne de dönemin genelkurmay başkanı Hilmi Özkök tarafından dikkate alınmamıştı. Uğur, Özkök’ün “Ne uğraşıyorsunuz bu işlerle, bunlar Müslüman adamlar” dediğini aktarmıştı. Çıray, Özkök’e bunun doğru olup olmadığını sordu. Özkök, Uğur’un anlattığı olayların kendisiyle ilgili olmadığını, Jandarma Genel Komutanlığı’yla alakalı olduğunu ve aslında raporu görmediğini ifade etti. Çıray, bu konunun aydınlığa kavuşmasından memnun olduğunu belirttikten sonra, 2004 yılında yapılan kritik MGK toplantısında alınan kararlara ilişkin Özkök’e görüşlerini sordu. Özkök de 2004 MGK da ordu içindeki yapılanmalara karşı bütün kuvvet komutanlarının da katılımıyla hükümeti uyardıklarını ifade etti. Özkök bu uyarının MGK sonrasında yayınlanan açıklamaya çok net biçimde yansıdığını belirtti. Çıray, Özkök’ün bu açıklamasıyla 15 Temmuz darbesinin %50’sinin aydınlanmış olduğunu ifade etti. Çıray, bu açıklamayla AKP hükümetlerinin TSK’nın yüksek komuta kademesinin uyarılarına rağmen önlem almadıklarını ve bu şebekenin ordu içinde büyük güç kazanmasının önünü açtıklarını vurguladı. Eğer 2004 MGK kararının gerekleri yapılsaydı, 15 Temmuz’daki kanlı hain girişimin gerçekleşmesi mümkün olmazdı.